Bepaalde gebeurtenissen kunnen diep ingrijpen in het leven van mensen een groot deel van de getroffenen ‘verwerkt’ deze ervaringen op eigen kracht. Bij andere ontwikkelen zich psychische klachten. Vaak gaat het om herinneringen aan de schokkende gebeurtenis die zich blijven opdringen, waaronder angstwekkende beelden (herbelevingen, flashbacks) en nachtmerries. Andere klachten die vaak voorkomen zijn schrik- en vermijdingsreacties. Men spreekt dan meestal van een ‘posttraumatische stressstoornis’ (PTSS).
Ook al wordt PTSS nog steeds als het primaire indicatiegebied voor EMDR beschouwd, hebben de ervaringen met de toepassing van deze behandelmethode de afgelopen jaren laten zien dat het mogelijk is een grote verscheidenheid aan psychische aandoeningen en klachten te behandelen die gepaard gaan met vermijdingsgedrag, somberheid en/of gevoelens van angst, schaamte, verdriet, schuld of boosheid. Uitgangspunt is telkens dat deze klachten zijn ontstaan als gevolg van één of meer beschadigende ervaringen. Daarmee worden gebeurtenissen bedoeld die dusdanige sporen hebben nagelaten in het geheugen van de persoon, dat hij of zij er nu nog steeds last van heeft. Voorbeelden daarvan zijn emotionele verwaarlozing, akelige ervaringen op medisch gebied, werk gerelateerde gebeurtenissen en andere beschamende, pest- of verlieservaringen. De belangrijkste insteek van de EMDR-therapeut is de cliënt te helpen met de herinneringen aan deze gebeurtenissen te verwerken, met de bedoeling daarmee de klachten te verminderen of te laten verdwijnen.